Tác phẩm của Nguyễn Thiếp gồm có:

• La Sơn tiên sinh thi tập: có hơn 100 bài, có tựa của tác giả (theo Phan Huy Chú). Trần Văn Giáp cho biết bản này hiện đã không còn tìm thấy, và theo ông thì nó còn có tên là Hạnh Am thi cảo. Trong cuốn La Sơn phu tử của GS. Hoàng Xuân Hãn có công bố quyển này (gồm 84 bài thơ chữ Hán, có phụ chép một số câu đối, thơ Nôm và các chiếu biểu, do một người vô danh sưu tầm được), và theo như giáo sư nói là "không chắc còn nguyên bản".
• Hạnh Am di văn: gồm một số bài văn của Nguyễn Thiếp phúc đáp, cáo từ, trần tình, tạ ơn, v.v...gửi vua Quang Trung. Hiện bản này có trong Thư viện Khoa học xã hội, ký hiệu VHb. 212.

Ngoài ra, theo GS. Nguyễn Lộc trong Từ điển văn học (bộ mới), thì ông còn có: Hạnh Am ký (Ghi chép của Hạnh Am, 1782), Thích Hiên ký (Ghi chép ở Thích Hiên, 1786), bài viết đề ở gia phả, và đề tựa Thạch Động thi tập của Phạm Nguyễn Du...[11].